Die herontwikkelingsprojek is geborg deur die Spanjaarde Cruz y Ortiz, die uitstalling is ontwerp deur Jean-Michel Wilmotte en die restourasie is deur Van Hoogevest Architecten uitgevoer. Die taak van die argitekte was om die lywige gebou in die hoofstroom van eklektisisme, wat in 1885 deur Petrus (Pierre) Kuypers gebou is, aan te pas vir die behoeftes van 'n museum van die 21ste eeu. Weelderige interieurs het die aandag van die uitstallings afgelei, daar was nie genoeg ruimte vir beide uitstallings en die meegaande program nie, dit was onmoontlik om die permanente uitstalling volgens een stelsel te reël, ensovoorts.
Nou is al die uitstallings van die 12de tot die 20ste eeu in 'n streng chronologiese volgorde gerangskik, volgens vloere van onder na bo, en die chronologie word ondersteun deur 'n kleurskema: die verf op die mure word geleidelik helderder as dit opwaarts beweeg en byna wit in die sale van moderne kuns. Terselfdertyd is al die werke op 'n nuwe manier gerangskik, met die uitsondering van die belangrikste - "Night Watch" van Rembrandt, wat teruggekeer het na sy vorige plek in die "Gallery of Honour", waar die werke van die Golden Ouderdom van Nederlandse kuns word uitgestal.
Volgens die reeds gevestigde skema vir die bou van die museum, het die argitekte twee binnehowe van die gebou met glasdakke geblokkeer en dit ook verdiep tot op die vlak van die -1 verdieping, nadat hulle die latere uitbreidings wat hulle bewoon het, vroeër verwyder het. Toe plaas hulle 'n ouditorium onder die een binnehof, en 'n museumwinkel en 'n kafee onder die ander. Die binnehowe het verander in ruim openbare ruimtes wat toeganklik is, selfs sonder om 'n kaartjie te koop. Die mure vorm die binnegange van die museum en die nuwe oppervlaktes word met ligkleurige klip bekyk. Antonio Cruz en Antonio Ortiz het rekening gehou met die fout van Norman Foster, in wie se binnehof van die British Museum enige geluid duidelik hoorbaar is en selfs weerklink, so in die Rijksmuseum word geluide gedemp deur wit roosters met geluidsabsorberende materiaal wat aan die plafonne hang..
Maar die grootste probleem vir die argitekte was die vereniging van die twee binnehowe in 'n enkele geheel. Die historiese gebou het 'n gang- en fietsrygang in die middel van die gevel, wat vinnig deur die gebou kan beweeg. Die heropbouprojek was van plan om dit in die hoofingang van die museum te verander, wat albei binnehowe verenig, maar die inwoners van die stad het in opstand gekom, en nou is die gang in sy oorspronklike vorm bewaar; die museum is toeganklik via vier klein ingange en 'n ondergrondse gang daaronder om die binnehowe met mekaar te verbind.
Die museum is in 2003 gesluit vir heropbou en sou reeds in 2008 geopen word. Die periode van tien jaar word verklaar deur die feit dat titaniese pogings moes aangewend word om ondergrondse vlakke in die met water gevulde grond van Amsterdam te bou, en daar was geen kontrakteur vir so 'n ingewikkelde projek nie. Arcadis-ingenieurs het die nuwe ondergrondse dele van die gebou struktureel onafhanklik van die historiese struktuur gemaak, omdat dit stadig sak. Daarom is die grondkorridor en die 'Gallery of Honor' wat bo die ondergrondse gang tussen die binnehowe geleë is, nou verander in 'n 'brug' wat daaroor hang. Die gegrawe putte is dadelik met water gevul, sodat hulle met spesiale beton vir onderwaterwerk gegiet is, en die proses is deur duikers beheer.
Die begroting van die projek was 375 miljoen euro, maar dit sluit ook die bou van 'n aparte paviljoen van Asiatiese kuns in die middel van die dam in, en die aanpassing van die park in 'n beeldetuin deur die Copijn Landschapsarchitecten-projek (14 500 m2), die bou van 'n diensingangsgebou, die rekonstruksie van die historiese Skool vir Tekening (Teekenschool) as 'n museumopvoedkundige sentrum, asook die bou van 'n museumwerkswinkelgebou naby die Rijksmuseum, saamgevoeg met 'n ander Kuypers-gebou - die voormalige Instituut vir Beroepsveiligheid en -gesondheid.
Maar die opknapping van die museum is nog nie voltooi nie: dit bly oop vir die duur van die heropbou
die Philips-vleuel sal nou omskep word in 'n moderne tydelike uitstalruimte. Die outeurs van die projek is ook Cruz y Ortiz.
